Год назад команда полковника Джека О'Нилла столкнулась с опасностью на планете Абидос, где им пришлось сражаться с воинами Ра и смертоносными планерами, вооружёнными лазерным оружием. В процессе боя Джек заметил, что атака была очень похожа на предыдущие столкновения с врагами, что вызвало подозрение о возвращении старого недруга на Землю. В ходе операции на планете Чулак, где враг похитил близких членов команды, Джек, Саманта Картер, Дэниэл Джексон и Тео Франклин оказались в плену у
Чудом уцелев после нападения Сайлонов на колонии Кобола, гражданский колониальный флот в сопровождении Звёздного крейсера Галактика летит прочь от мест, где их могут найти вражеские силы. Восстановив гражданское правительство и собрав все имеющиеся силы, остатки человечества начинают неравную борьбу со временем, обстоятельствами и Сайлонами. Разбираясь с всё новыми внешними и внутренними проблемами, постепенно раскрывая личности 12 человекоподобных моделей Сайлонов, они летят на поиски давно
